實驗動物房屬于生物潔凈室，但由于它本身的特點，其潔凈度標準不宜直接套用美國航空航天局標準所規定的潔凈室分級標準其主要原因如下:
（1）NASA《潔凈室和潔凈工作臺微生物的控制標準》，是為宇宙飛船的制造、試驗和發射環境而制定的潔凈室標準。其主要目的之一是極力避免地球上的物質、微生物等混來自其他星球的采樣中，以防止對其他星球是否存在某種物質或微生物的錯誤判斷。此外還要防止從其他星球的采樣中攜帶回的，可能危及人類地球安全的未知物質和微生物的擴散、傳播。所以，該標準是比較嚴格的。但實際上NASA標準從發表迄今不僅被用于世界各國的宇航工業，而且還被引用于醫藥工業、食品工業、生物實驗室以及醫學等各種微生物凈化領域。不過，醫學界認為該標準對于某些不必嚴格排除非生物性微粒的使用部門增加了額外的制約，況且就對微生物粒子的控制而言，該標準也因從宇航技術的特殊角度出發，規定偏嚴，這對于動物體發散塵、菌集中實驗動物房就不一定適用。
由于NASA標準的特殊性，實際上它不太適于用做地球上具有特定目的的微生物污染控制標準，而實驗動物房內的微生物控制是具有特定目的的。實驗動物房是動物生活的場所。活動的動物，即使本身很潔凈，但對潔凈室而言仍是最大的污染源，而且，實驗動物房內的塵、菌發生量隨機性大很難確定，其顆粒濃度和粒徑分布也是不穩定的。實驗動物房空態時能達到NASA標準的高級別，但飼養動物時卻難于維持同一級別。而實驗動物房的潔凈度關鍵在于其動態，它決定于實驗動物的潔凈度，實驗要求的潔凈度及通過實驗損失的潔凈度。
（2）實驗動物房的運行時間與其他生物潔凈室的不同。其他生物潔凈室，如手術室、制藥廠等，其室內潔凈度只要求在某一時間段內，如手術期間或生產藥品時，維持其所需水平。而實驗動物房的潔凈度通常是晝夜地、長期連續地維持其所需水平。因此，室內不可能采用熏蒸等方式進行較徹底的滅菌處理，只能使用不致影響實驗動物正常生活，而藥力相對較弱的藥劑擦洗。這就意味著，微生物一旦污染室內就較難控制。因此，必須全面杜絕微生物的污染，長期保證室內空氣質量。
（3）除無菌動物和特殊菌動物養設施外，占潔凈動物飼養設施主流的無特殊病原體動物飼養設施的潔凈度要求相對較低。這主要因為:無特殊病原體的動物身上除指定病原體外，允許其他非病原性常在菌存在。而且有些常在菌是動物正常生命活動不可缺少的。因此空氣凈化技術只需除去有害動物健康，影響實驗結果的特定微生物群。所以無特殊病原體動物的飼養設施不一定要求很高的潔凈度。當指定的病原體種類越多，飼養條件相對越嚴格。