設施很少是微生物固有的來源。設施設計缺陷、結構材料不良以及不正確的操作能夠對污染水平造成明顯的影響，設備和其它來源一起構成污染來源，下面成都凈化工程公司就談下潔凈室污染源知識之來源于設施的污染。
生產醫藥制劑的新設備可以設計成把內部微生物污染來源降到最低水平，從而達到衛生級別。設計新設備時還需考慮許多其它因素，因此，優先可以考慮這些因素可以避免不必要的改造，從而確保實際的產出。現有設備可能存在一些微生物控制缺陷，是之前通過設計所沒有表現出來的。這些設備的微生物控制通常是很難解決的。
不幸的是，也是事實，一些設備很難清洗，微生物會在污物容易聚集的地方生存并繁殖。在設計的時候，視覺效果是設備潔凈度的一個主要關注點，所以墻壁、地面以及屋頂應該是光亮、光滑、潔凈的表面，地面與墻壁的連接應該是凹圓形，管道應當被包裝起來、櫥柜及儲存區域應當減少，排水應當控制好。
設備相關的微生物污染可能來源于清洗物質（水）、排水（污水）、公用設施（冷卻水、壓縮空氣）。多數都與水相關的，表明水是一個非常重要的污染來源。
清洗工藝主要是為了改善清洗對象的潔凈度。有時候它的效果不好。許多藥品生產的清洗工藝為避免交叉污染在化學潔凈度上作了驗證。很有可能為了滿足化學潔凈，導致微生物潔凈度不達標，也有可能獲得化學潔凈的設備和材料（例如水）其微生物潔凈情況比原來差。這并不意味著在微生物清洗驗證上有更大的壓力，也許只需要把清洗設備和物料的微生物驗證當作重點便可解決。
清洗產生微生物污染的主要來源是水。水是最常見的清洗劑。用于清洗藥劑生產設備的清洗水必須是微生物情況很好的。需要進行微生物控制的清洗水的潔凈度取決于用于哪里、用在什么產品以及所聯合使用的設備與所使用的量。飲用水（一般微生物標準是小于500CFU/ml）足夠清洗無非菌區域設施的墻壁和地面。在有些區域，市政供應可能很容易滿足這些標準，但在另一些區域，通常會用二次氯氣消毒來保證達到要求。應當謹慎選擇墻面和地面的清洗劑及消毒劑。有時，人員可能會對什么是清洗劑，什么是消毒劑，以及什么是清洗消毒一體劑有此困惑。曾經有一個被假單胞菌污染的廠房，每天用認為含消毒效果的清洗劑拖洗地面，并進行跟蹤，發現并沒有消毒效果。
相比墻面、地面，物料接觸設備以及物料接觸包裝部件需要更關注微生物控制。溶液的殘留很容易清除。殘留的懸浮液（洗液及口服乳化劑）、糖漿及半固體的乳劑、油膏、膠體都難以清洗。在第一種情況，產品殘留必須清除以符合總的化學潔凈標準以及清除助長微生物生長的物料（如糖）。熱水將是第一選擇，但殘留包括表面活性劑或者清洗劑時例外。表面活性劑的殘留可能不會留在設備上，因此最終漂洗必須符合純化水（USP或者）的要求。應用于純水的微生物限值通常在小于100CF/ml的區域。
在制藥生產設施中污染最嚴重的水在排水處，它也是革蘭陰性菌的主要滋生地。這些污染可能會轉移到其它區域，如果排水溝有回流，則會轉移到在排水溝附近工作的人員（如清洗彎道人員）的腳和潔凈服上。排水管的定位應該盡可能縮小，并且設施設計應確保排水能夠用預計流量的水處理。不用的排水管應當加蓋。
冷卻水通常是微生物質量極差的（避免氯化過程，以減少水的腐蝕風險）為了熱交換或者夾套中不會有針孔或者大的泄露，需要格外小心。有時，微生物質量差的水用來冷卻攪拌器密封壓蓋；同樣，需要保證型圈及其它密封是正確應用而且是完整的，有些不合格的糖漿被駁回，就是因在生產罐的柱塞式水冷密封壓蓋上的密封圈上出現假單胞菌污染。
壓縮空氣在無菌設施里是潛在的、重要的微生物污染來源。這是因為空氣泄露，不像水泄露那樣馬上就能觀察到。在非無菌生產區域，氣體就不是那么主要的污染來源；盡管如此，它們也可能導致污染，通常是來自革蘭陽性菌耐干燥種屬。